Научно-исследовательский центр истории и археологии Крыма (НИЦ ИАК) образован на основе Крымского отделения Института востоковедения им. А.Е. Крымского Национальной академии наук Украины (сокращенно – КОИВ НАНУ). В свою очередь КОИВ НАНУ возникло на базе лаборатории по изучению этнической истории Крыма, созданной в 1989 г. в научно-исследовательском секторе Симферопольского государственного университета (впоследствии Таврического национального университета им. В.И. Вернадского, ныне Таврической академии КФУ им. В.И. Вернадского). Организовал и руководил лабораторией Александр Ильич Айбабин.

В ноябре 1991 г. по инициативе академика НАНУ, профессора Гарвардского университета Омельяна Иосифовича Прицака и при поддержке президента НАН Украины академика Бориса Евгеньевича Патона в Киеве учредили Институт востоковедения (ИВ НАНУ). Уже на этапе создания данного института О.И. Прицак, ставший его первым директором, предложил А.И. Айбабину организовать отделение института в Крыму. В результате кропотливой подготовительной работы 3 июля 1992 г. Постановлением Президиума НАН Украины № 182 было учреждено Крымское отделение Института востоковедения Национальной академии наук Украины, руководителем которого стал А.И. Айбабин. Заместителем руководителя по научной работе был назначен В.Н. Даниленко, ученым секретарем – В.А. Сидоренко. Первоначально в Отделении работало 46 человек, большинство из которых перешли из лаборатории. КОИВ состояло из 4 отделов: отдел византологии (зав. А.И. Айбабин), отдел ираноязычных народов (зав. И.Н. Храпунов), отдел тюркоязычных народов (зав. С.Р. Изидинова), отдел этнокультурных исследований (зав. А.Г. Герцен) и редакционно-издательский центр (зав. В.А. Сидоренко). Однако с 1995 г. в результате неоднократного значительного сокращения штатов НАН Украины и хронического недофинансирования, вызванных экономическим кризисом в стране, численность сотрудников КОИВ сократилась на треть, а его структура была существенно реорганизована. С 1998 г. в его составе функционировало три отдела: отдел византологии (зав. А.И. Айбабин), отдел истории и культуры народов Крыма (зав. В.А. Сидоренко) и отдел этнокультурных исследований (зав. М.А. Араджиони).
С 1996 г. по решению руководства Отделения истории, философии и права КОИВ было признано в НАН Украины главным научно-исследовательским центром византологии, а также научно-методическим центром и координатором востоковедческих исследований на территории Крыма.

В рамках утвержденных Президиумом НАН Украины научных тем сотрудники КОИВ проводили исследования по истории, археологии, этнографии Крыма в широком аспектном и хронологическом диапазоне. В ходе систематических архивно-библиографических и археологических изысканий накоплена обширная источниковая база. В многочисленных трудах исследователей в научный оборот введены и проанализированы малоизвестные и неизвестные письменные источники, а также огромный массив вновь найденных археологических находок. На протяжении многих лет ученые КОИВ проводили археологические раскопки многих памятников Крыма, среди которых позднеантичные и раннесредневековые некрополи у с. Дружное, Опушки, Нейзац (И.Н. Храпунов), у с. Левадки (С.А. Мульд), у с. Лучистое (А.И. Айбабин, Э.А. Хайрединова), некрополи и городища на плато Мангупа (А.Г. Герцен), Эски-Кермена (А.И. Айбабин), Баклы (А.И. Айбабин), Пантикапея-Боспора (А.И. Айбабин), раннехристианского некрополя Пантикапея-Боспора (В.Н. Зинько и Е.А. Зинько), античного и ранневизантийского города Тиритака (В.Н. Зинько, А.В. Зинько). В 1994-1997 гг. Крымское отделение совместно с французским Центром исследований по средневековой археологии (г. Кан, Нижняя Нормандия) выполняло научный проект «Варвары на границах Империи». В рамках этого проекта крымские и французские исследователи провели совместные раскопки в Нормандии под руководством директора названного Центра доктора Кристиана Пилле (1994-1996 гг.) и алано-готского могильника у с. Лучистое под руководством А.И. Айбабина (1995-1997 гг.). Результаты всех археологических исследований отражены в отчетных материалах, многочисленных публикациях, а также диссертациях их руководителей и участников. Полученные в ходе раскопок археологические материалы, содержащие важную информацию по истории населения Крыма в разные периоды, пополнили фонды государственных музеев Крыма, а именно Центрального музея «Таврида», Керченского и Бахчисарайского историко-культурных заповедников. Наиболее ценные находки включены в экспозиции этих музеев, а также часто используются в тематических выставках, которые экспонируются в Крыму и за рубежом. Так, в 1994 и 1995 гг. крымские находки составили основу международных выставок, проводившихся в городах Италии: «Европа готов» (г. Милан) и «От тысячелетия до тысячелетия. Сокровища варваров Северного Причерноморья» (г. Римини). В 1997 г. по результатам крымско-французского проекта «Варвары на границах Империи» в г. Кане состоялась выставка «Археология Черного моря».

Крымское отделение Института востоковедения явилось организатором и соорганизатором многих региональных и международных конференций. В числе наиболее значимых – международные византологические конференции: «Византия и народы Причерноморья и Средиземноморья в раннее средневековье» (г. Алушта, сентябрь 1994 г.) и «Византия и Крым» (г. Севастополь, июль 1997 г.). Участниками обеих конференций были ведущие ученые-византинисты из многих стран Европы. С 2000 г. КОИВ в сотрудничестве с Центром археологических исследований Благотворительного фонда «Деметра» в г. Керчи ежегодно проводило международную конференцию «Боспорские чтения: Боспор Киммерийский и варварский мир в период античности и средневековья». С 2009 г. вместе с Национальным заповедником «Херсонес Таврический» (ныне ФГБУК Государственный историко-археологический музей-заповедник «Херсонес Таврический») Крымское отделение являлось соорганизатором международного византийского семинара «Xersonos Themata: «империя» и «полис»» (г. Севастополь). С 2008 г. в сотрудничестве с общественными организациями КОИВ ежегодно проводило конференции и заседания круглого стола, посвященные проблемам межэтнических и межконфессиональных отношений в Крыму в истории и на современном этапе.

Крымское отделение Института востоковедения вело активную издательскую деятельность. Оно продолжило ежегодное издание «Материалов по археологии, истории и этнографии Таврии» (МАИЭТ), основанное А.И. Айбабиным в 1990 г. в рамках лаборатории по изучению этнической истории Крыма НИС СГУ. В свет вышло 19 выпусков общим объемом более 500 усл. печат. л. С 2001 г. издаются «Боспорские исследования» (БИ). Опубликовано 30 выпусков общим объемом более 900 усл. печат. л. Публикация сборников проводится совместно с Центром археологических исследований БФ «Деметра» (директор В.Н. Зинько). Оба издания были включены в список ВАК Украины, в 2014 году они зарегистрированы в Российском индексе научного цитирования (РИНЦ). В свет выходят также Supplementum МАИЭТ (11 выпусков) и Supplementum БИ (13 выпусков), в которых публикуются монографии российских и украинских ученых. В 2011 г. КОИВ основало новую научную серию: «Межкультурный диалог: история и современность». При финансовой поддержке общественных организаций в свет вышли 3 сборника научных статей общим объемом более 65 усл. печат. л.